تأسست ميونيخ سنة 1158 على يد هنري الأسد الذي كان دوقاً على ساكسوني وبافاريا. يعود اسم المدينة إلى المستوطنة التي بنيت ميونيخ بالقرب منها والتي تدعى ميونيجن. سنة 1255 أصبحت ميونيخ موطناً لعائلة ويتلزباج ، دوقات بافاريا. ثم أصبحت ميونيخ عاصمة لبافاريا سنة 1503.
تطورت ميونيخ إلى مركز قيادي ثقافي وفني على يد ملوك القرن التاسع عشر لويس الأول، ماكسيمليان الثاني ولويس الثاني. أثناء ذلك الوقت لعبت ميونيخ أيضاً دوراً أساسياً في تطوير رسومات ألمانيا في القرن التاسع عشر والعشرون.
بعد الحرب العالمية الأولى تعرضت ميونيخ لاضطراب سياسي عظيم. تأسست هناك أيضاً الاشتراكية الوطنية (النازية). أصبحت ميونيخ مقراً لقيادة الحزب النازي عندما تولى هتلر القيادة سنة 1933. عدا كونها مسقط رأس الحزب النازي، ظهرت في ميونيخ حركة صغيرة عرفت باسم الوردة البيضاء كانت معارضة للنازية. تضمنت هذه الحركة مجموعة من خمسة طلاب جامعيين وبروفسورا قاموا بطباعة نشرات تعارض حكومة هتلر قبل أن يقعوا في الأسر وينفذ فيهم حكم الإعدام على يد الجستابو سنة 1943.
أثناء الحرب العالمية الثانية تعرضت ميونيخ لتدمير شديد. بعد عام 1945 تمت عملية إعادة إعمارها وشيدت العديد من المباني الحديثة فيها. أقيمت الألعاب الأولمبية هناك سنة 1972 حيث تم بناء الملعب الأوليمبي ونظام الأنفاق.
