أول أناس استقروا في فينيسيا وصلوا إلى الجزر أثناء القرن 400 بعد الميلاد هربا من البربريين من شمال أوروبا الذين اقتحموا إيطاليا. الصيد و التجارة هما أساس اقتصاد فينيسيا في الماضي و قد سافر الناس إلى سواحل البحر الأدرياتيكي بحثا عن أسواق جديدة. في القرن 800 بعد الميلاد كانت فينيسيا تتاجر مع القسطنطينية المعروفة حاليا اسطنبول و مدن إيطالية أخرى على الساحل و شمال سواحل أفريقيا. و تدريجيا تحولت فينيسيا إلى مدينة مستقلة يحكمها النبلاء.
وفرت البواخر الفينيسية مواصلات للحملة الصليبية الرابعة عام 1202م التي استغرقت مدة سنتين. شارك الفينيسيون مع الصليبيين في الحرب و احتلوا الإمبراطورية البيزنطية و القسطنطينية. قوة فينيسيا أدت المدينة للدخول في سلسلة من الحروب مع جينووا و تعتبر خصما بحريا قويا. هزمت فينيسيا جينووا عام 1380م و نالت السيطرة على التجارة في البحر المتوسط الشرقي. وصلت فينيسيا إلى قمة القوة في القرن الخامس عشر عندما استعمرت كريت، و قبرس، و السواحل الدلماسية التي هي حاليا جزء من يوغوزلافيا و جزء من شرق شمال إيطاليا. نقلت البواخر الفينيسية تقريبا كل الحرائر، و البهارات، و أشياء فاخرة أخرى وصلت من آسيا إلى أوروبا. أصبحت فينيسيا مركزا بارزا للفن و النهضة في أواخرالقرن الخامس عشر و الرابع عشر. في أواخر القرن الرابع عشر رحل كريستوفر كولومبس إلى الولايات المتحدة الأمريكية و اكتشف فاسكو دا غاما ممرا بحريا إلى الهند. تحول مركز تجارة أوروبا إلى المحيط الأطلنطي و سقطت قوة فينيسيا فخسرت المدينة تدريجيا بعض المستعمرات الشرقية حيث أخذها الأتراك.
احتلت في عام 1797م القوات الفرنسية فينيسيا بقيادة نابوليون بونابارت. قسم نابوليون ما بقي من الإمبراطورية الفينيسية ما بين فرنسا و النمسا و أصبحت المدينة تحت سيطرة النمسا. في عام 1866م أصبحت فينيسيا جزءا من المملكة الإيطالية المستقلة. بدأت صناعة مارغيرا و ميستر في بدايات القرن التاسع عشر. احتل الجنود الألمانية المدينة أثناء الحرب العالمية الثانية. طائرات الحلف قامت بتفجير ميناء مارغيرا و لكنها تركت جزر فينيسيا.
في عام 1966م حدث في إيطاليا سيل فضيع مما أدى إلى أضرار في فينيسيا بملايين الدولارات. دمر السيل و تسبب بكثير من الضرر للوحات و تماثيل المدينة. تبرعت المنظمات الدولية و المواطنين بالمال لمساعدة الحكومة الإيطالية بدفع تكاليف التصليحات. و بعد ذلك بدأت اللجنات الحكومية و الباحثين الشخصيين بدراسة كيفية السيطرة على التلوث. و في أواسط السبعينات اتخذت الحكومة الإيطالية الخطوات اللازمة لتجديد و تصليح الكثير من تراكيب و بنية المدينة المتضضرة بسبب السيل و التلوث.
