إن لهذا المسجد اهمية تاريخية كبيرة في الإسلام. عندما بدأ الاسلام كان المسلمون يقومون بالصلاة باتجاه المسجد الأقصى (في القدس) إلى ان أنزل الله عزوجل آياته على النبي (صلى الله عليه وسلم) في القرآن الكريم والتي امر فيها المسلمين بالصلاة في اتجاه الكعبة الشريفة . قام النبي (صلى الله عليه وسلم) بالصلاة في اتجاه الكعبة وتبعه الصحابة على الفور . كان المسجد يحتوى على محرابين للصلاة واللذان يدلان على القبلتين ولكن شملت التجديدات الأخيرة التي لحقت بالمسجد إزالة المحراب الذي يدل على اتجاه القدس. ينصح بصلاة ركعتين عند زيارة هذا المسجد.
