أسست مدينة هيوستن على ضفاف مستنقع بوفالو في أغسطس (È) 1936 على يد جون واوجوستوس الين الذان كانا مقاولي عقارات من نيويورك. وسميت المدينة تبعا للجنرال سام هيوستن الذي نجح في قيادة جيش تكساس في مواجهة القوات المكسيكية في معركة سان جاسينتو التي مهدت الطريق أمام جمهورية تكساس كي تحصل على الاستقلال من المكسيكيين. وتم انتخاب سام هيوستن لاحقاً كرئيس لتكساس في سبتمبر (أيلول) 1836 وفي الخامس من يونيو (حزيران) 1837 انتخب جيمس إي هولمان كأول عمدة للمدينة. كانت هيوستن هي عاصمة جمهورية تكساس حتى 1840. وفي عام 1860 أصبحت هيوستن مدينة ذات أهمية في تصدير القطن حيث كانت تملك خطوط حديدية كبيرة تمر بها رابطة كافة انحاءتكساس بموانئ بومونت وجالفستون. إلى جانب كون المدينة مقر قيادة الجنرال جون بانكهيد أثناءالحرب الأهلية الأمريكية. وبعد ان ضرب اعصار جالفستون عام 1900، تم وضع خطط لتحويل المدينة إلى ميناءمياه عميقة. وفي عام 1901 تم اكتشاف البترول بالقرب من بومونت مما أدى إلى ظهور صناعة البترول في تكساس. وبحلول عام 1910، وصل تعداد سكان المدينة إلى ضعف العدد السابق في عام 1901. وفي عام 1914 افتتح الرئيس أنذاك وودرو ويلسون ميناءهيوستن العميق.
