كانت كراكاس خلال العصور الوسطى أكبر قليلاً من قرية صغيرة في وادي جميل تحتله قبائل السكان الأصليين. يوجد في الشمال من المستوطنة جبل شاهق يعد حاجزاً طبيعياً يحمي المدينة من البحر الكاريبي. ولذلك ظلت المدينة بعيدةً عن أنظار المتطفلين من الأساطيل الأوروبية التي أبحرت على طول سواحل المنطقة للإطلاع على البلدات المحلية لنهبها وضمها إلى مستعمراتها ومع ذلك فإن هذا لم يعيق التفاعل بين القوات البحرية التجارية وبين السكان المحليين. كثيراً ما كان التجار يترددون على المدينة حيث أن المدينة غنية بالكاكاو والأعشاب الطبية والمنتجات المحلية الأخرى.
في عام 1562، قام فرانسيسكو فاجاردو، وهو بحار من أصل إسباني بتأسيس عدة مستوطنات صغيرة على طول ساحل أمريكا الجنوبية عبر إقامة مزارع لولي العهد الإسباني في تلك المنطقة. وتم اعتبار هذا وسيلة لتغيير التقاليد المحلية السائدة في الزراعة في تلك المنطقة في ذلك الوقت، وتم تدمير تلك المزارع بواسطة السكان المحليين.وتبع ذلك بعض المناوشات، ولكن في 25 يوليو 1567، قام القائد الإسباني “دييغو دي لوسادا” بتحويل المدينة إلى إقليم تحت التاج الإسباني.
تم تخطيط المدينة رسمياً عندما انتقل إليها الإسبان في عام 1578، وتحول مركز المدينة إلى ساحة عامة ، يحيط بها 24 قسماً متساوي الأضلاع. وتم تطوير الشوارع، وتغطيتها بطبقة من الحصى، مزجت الشوارع بين العمارة الأوروبية في القرون الوسطى مع مواد البناء التقليدية المكونة من الخشب ، تم بناء المساكن الفخمة للصفوة واستكملت الباحات، والممرات، واماكن للخدم واسطبلات الخيول، ثم بدأت التنمية على طول المحور الرئيسي بين الشرق والغرب الذي ما زال يشكل العمود الفقري للشبكات في المدينة اليوم.
في القرنين 16 و 17، وخلال العصر الذهبي للقرصنة، بقيت المدينة بعيدة عن أنظار القراصنة وصائدي المكافآت الانتهازيين. وبصرف النظر عن الهجوم الذي شنه القراصنة الإنجليز في 1595، ظلت كراكاس ملاذاً آمناً إلى حد ما للتجار والمستوطنين الجدد.
لهذه الأسباب، شهدت المدينة زيادة مطردة في زراعة الكاكاو، واصبحت المدينة عاصمة المنطقة في عام 1777. تفشى مرض الجدري بين السكان الأصليين (الهنود)، مما حد من فرص حدوث التمرد. ومع ذلك، كانت هناك محاولات للحصول على الاستقلال من الإسبان. قام مانويل غوال وجوزية ماريا اسبانا بقيادة جيش نظامي هزم في 13 يوليو 1797. في 5 يوليو 1811، في أعقاب انتشار المثل العليا لحروب الاستقلال في أمريكا الشمالية والثورة الفرنسية، أعلن بعض المسؤولون حصول المدينة على الاستقلال وهذا ما غير الشكل المستقبلي لكراكاس.
تعد كاراكاس مسقط رأس سيمون بوليفار، الذي يعتبر رائداً في التمرد ضد التاج الإسباني. قاد بوليفار السكان المحليين في انتصارهم على الأرستقراطية الإسبانية من خلال معركة كارابوبو، في 24 يونيو 1821. تم تسمية المعالم والشوارع وحتى العملة في فنزويلا بأسمه.
